Από την αρχική στιγμή της λοίμωξης απο κονδυλώματα ο ασθενής παραμένει ασυμπτωματικός έως ότου η νόσος εκδηλωθεί. Η χρονική περίοδος αυτή μπορεί να διαρκέσει από λίγες εβδομάδες έως και μερικούς μήνες.

Όταν τα κονδυλώματα εκδηλωθούν ο ασθενής δεν έχει συνήθως κάποια ιδιαίτερη ενόχληση. Ορισμένες φορές κατά την εμφάνιση τους ο ασθενής μπορεί να παρουσιάσει αίσθημα κνησμού και αίσθημα καύσου στην προσβεβλημένη περιοχή. Τα κονδυλώματα μπορεί να είναι επίπεδα ή ανάγλυφα, να έχουν χρώμα ρόδινο, άσπρο ή καφέ. Μπορεί στην όψη να θυμίζουν κουνουπίδι σε μικρογραφία είτε ελιά (σπίλο).

Στον άνδρα τα κονδυλώματα μπορεί να εμφανιστούν κατά μήκος του πέους, στη βάλανο, στην ουρήθρα,ενδοουρηθρικά, στους όρχεις, στη μηρογεννητική περιοχή,  περιπρωκτικά καθώς και ενδοπρωκτικά. Στη γυναίκα τα κονδυλώματα εμφανίζονται στα έσω ή έξω χείλη του αιδοίου, στην κλειτορίδα, στην περιοχή του κόλπου καθώς επίσης και στην περιοχή του πρωκτού.

Πολύ συχνά ενώ ένα άτομο έχει μολυνθεί από κονδυλώματα μπορεί να μην εμφανίζει κλινικώς συμπτώματα της μόλυνσης. Τα άτομα αυτά ονομάζονται ασυμτωματικοί φορείς και είναι ικανά να μεταδώσουν τον ιό κατά τη σεξουαλική πράξη καθώς και κατά την άμεση δερματική επαφή με τη μολυσμένη περιοχή.

Τα κονδυλώματα είναι πάθηση που εμφανίζει πολύ συχνά υποτροπές (επανεμφάνιση των κονδυλωμάτων). Η συχνότητα των υποτροπών εξαρτάται από την ιϊκή φόρτιση του ιού κατά τη μόλυνση, από τον τρόπο θεραπείας και από την άμυνα του οργανισμού μας (ανοσοποιητικό σύστημα). Στην περίπτωση που το ανοσοποιητικό σύστημα είναι ευάλωτο (λόγω μιας χρόνιας πάθησης, λόγω μιας ευκαιριακής λοίμωξης ή ανθυγιεινού τρόπου ζωής) αυξάνεται η πιθανότητα της υποτροπής. Η διακοπή του καπνίσματος και ο υγιεινός τρόπος ζωής (σωστή διατροφή και επαρκής χρονικά και καλός σε ποιότητα ύπνος) συμβάλλουν σημαντικά στην καλή πρόγνωση της πάθησης και την πρόληψη εξάρσεων του ιού.

Η μόλυνση με ορισμένους  γονότυπους του ιού των ανθρώπινων θηλωμάτων (HPV) συσχετίζεται με  την ανάπτυξη καρκινογένεσης στη γεννητική περιοχή και πιο συκεκριμένα με καρκίνο του τραχήλου της μήτρας, του πρωκτού και του πέους. Η μόλυνση με κάποιον από αυτούς τους γονότυπους του ιού HPV δύναται να προκαλέσει προκαρκινικές εξαλλαγές των κυττάρων χωρίς να υπάρξουν οποιαδήποτε συμπτώματα.